1950年秋、ポニーリーグは米国ペンシルバニア州ワシントンで誕生しました。
ポニーリーグは13才及び14才の少年（中学生）によって構成される野球リーグです。ポニーは英語で子馬を意味し、中学生の若々しく元気な姿を連想して名付けられたといわれます。またPONYの頭文字にはProtect Our Nation’s Youth-国の青少年を守ろう-という精神が込められています。2年後の1952年には全米に広がり、全米選手権大会が開催されました。

その後、ポニーリーグを母体として組織は拡大され、コルトリーグ（15才～16才）ブロンコリーグ（11才～12才）が追加加入され、米国ボーイズ・ベースボール協会と呼称されました。（現在はシェットランドリーグ、ピントリーグ、マスタングリーグ、パラミノリーグが追加され7階級に分かれています）また広く海外にも渡り、30カ国までに地域を広げ、毎年世界選手権大会が開かれるようになりました。

日本では1975年（昭和50年）、米国ボーイズ・ベースボール協会ポニーリーグ公認のもと、日本ポニー・リーグ野球協会が結成され、更に翌年には小学生高学年を対象としたブロンコリーグが加わり、改称ののち、現在の日本ポニーベースボール協会となりました。2014年には日本硬式少年野球連盟（ジャパンリーグ）と統合し新たな出発を果たしています。
結成以来、ポニーリーグ（中学生）、ブロンコリーグ（小学高学年）ともに世界のチームと試合を繰り返しています。